UPDATE `users` SET `last_visited` = '2019-08-22 12:38:46' WHERE `id` = 13550
запрос выполняется 22мс:- Я бы проверил более реалистичный сценарий - сколько времени занимает выполнение ХХ запросов - например, с помощью https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/mysqlslap.html
CentOS, AMD 8 ядер (не помню модель), оперативы 64 гига, диски SSD- какой innodb_buffer_pool_size?