Replace in path? Можно сузить поиск по скоупу, директории, отфильтровать (например, только в комментах), а с помощью regex ограничить какие конкретно FQN менять:
зы: и да,
Как во всех phpdoc блоках заменить полные пути на FQN?
FQN это и есть полный путь :)
ззы: Помнится до установки последней версии PhpStorm (и вместе с этим чистки плагинов) был Intention "Replace FQN with import", но сейчас не вижу его у себя.