Это происходит потому, что выдвинув меню, поведение страницы никак не меняется, и логично, что будет и прокрутка. Так что все в порядке, и работает так как и должно работать.
Так что, если хочешь добиться желаемого эффекта, то при открытии меню, для некоторых элементов надо задать следующие стили.
body {
height: 100%;
overflow: hidden;
}
.scroll {
overflow: hidden;
}