1 параметр дополнительный в таблицах БД всего.
И обязательно фильтровать данные по этому параметру и везде его требовать.
Этот параметр везде проходит по коду бэкенда.
Во фронтенде - можно так же, а можно и разруливать на входе в веб-сервер по имени (суб)домена (уникального для каждого арендатора)
Приложение развивается и меняется, поэтому ставить каждому арендатору отдельную копию не получится.
Необходимо чтобы скрипты были для всех арендаторов были в одном месте, в единственном экземпляре.
Вот только как вы простым образом кастомизируйте внешний вид....
Ограничиться логотипом арендатора разве что - это просто.
Более существенные вещи заставят менять код.