По факту получается, что вы пишите системный тест. Следовательно, для него вам необходимо уже скомпилированное приложение.
Самый простой вариант, в этом случае -- это просто вызывать приложение с помощью
std::system и проверять вывод. Так как std::system возвращает просто код завершения, вывод можно писать в какой-нибудь файл. Ну а потом, как и в обычном тесте, сравнивать то что получилось и то, что должно получиться. По факту у вас есть два приложения: сам тест и та утилита, которую вы тестируете.