Это одно и то же, в смвсле стандарта, т.е. тту нельзя говорить о обратной совместимости. Т.е. и то и дугое PCIe 2.0.
x16 это количество линий передачи данных. х1 - короткие разъёмы используются для низкоскоростной переферии, разных простых сетевух, аудио, usb и других подобых контроллеров.
Длинные x8, x16 импользуются для видео карт, в основном. Если разъём один, он наверняка х16, второй и далее бывает и х8, это можно посмотреть в документации на материнку, обычно.
Средний
