Там в /etc/ssh/sshd_config есть такая строчка AuthorizedKeysFile %h/.ssh/authorized_keys
По идее можно попробовать как-то так: AuthorizedKeysFile %h/.ssh/%u.pub — но, по вашей логике, выходит, что у двух юзеров общий хоум должен быть (в смысле, понятно, что это просто два разных ключа, но ведь они в одном хоуме — значит для одного юзера).