Не все настройки могут быть заданы в скрипте.
Например, короткие теги - до того, как пойдет на выполнение ваша донастройка, пых уже вывалит ошибку в файле...
Ну, а настройки, которые будут "в каждом скрипте, на каждой странице" - и вовсе ядерные грабли, положенные себе же на самой дороге.