Для этого необходимо сделать 2 вещи:
1) блок, содержащий в себе меню, должен быть фиксированным на всю ширину и высоту экрана, с наибольшим показателем z-index'a. То есть что-то типа такого:
position: fixed;
top: 0;
left: 0;
width: 100%;
height: 100vh;
z-index: 10000;
2) При вызове меню на body повесить overflow: hidden, чтобы оно не скроллилось. Можно сделать путём добавления с помощью js нужного класса.