100% сходство PerfectPixel делать не стоит. Так как во-первых дизайн не всегда симметричен, иногда дизайнер располагает блоки на глаз и в данном случае нужно понимать, что это не фича. Во-вторых иногда чтобы исправить пару пикселей приходится навешивать не нужные отступы, обертки и т.д.. Сами эти пиксели ничего не изменят, но могут раздуть код, а в последствии еще и заставить дальше его кастылять.
Возник вопрос, а правильно ли я поступаю, что иногда вмешиваюсь во флексы со своими margin отступами? Например, 3 блока расположены друг от друга с помощью justify-content: space-between, но мне нужно чтоб один блок был чуть ближе к одному из блоков или дальше.
Если нужно, то почему бы и нет. В БЭМ для этого используют модификаторы и это очень облегчает жизнь.