Если не известны адреса и порты, используемые программой - засовываете её в отдельный контейнер и перехватываете. Или, если есть такая возможность - назначаете программе для работы отдельный IP-адрес и используете его в качестве фильтра сниффера.
P.S. Забыл.... еще если совсем глубоко разобраться, то в коде программы можно найти типизированные заголовки и IP адреса.... Если разбираетесь) потом просто просеять трафик через них....