Хочу запаковать все нужные скрипты в архив и положить его в корень сайта, как шаблон и по кнопке чтобы на хостинге создавалась папка под этот архив туда всё распаковывалось, и мне на выходе готовую ссылку отдавал. Типа: http://site.ru/dsjfj32
И вопрос как это менеджерить, чтобы грубо говоря у меня была админка со всеми /папками/ которые есть на хосте
Игорь, используйте ZipArchive.
При нажатии кнопки отправляйте запрос, запускаете функцию, метод, как у Вас там будет оформлено и распаковываете архив в нужную директорию. По завершении возвращаете ответ с необходимыми данными.
Для этого есть уже панели типа Vesta CSP, ISP panel и так далее. А вообще, вы хотите, чтобы в ответе вам написали код CMS под ваши запросы? Здесь мы помогаем друг другу решить какие-то определенные затруднения с кодом и так далее...