В общем случае удалить скрипт нельзя.
Иногда возможен костыль. Для глобальных функций можно их переопределить, заменив другими. И вообще многие глобальные переменные можно удалить. Обработчики можно удалить все, если есть доступ к обработчику, то есть ссылка на функцию не спрятана где-нибудь в замыкании или какой-то локальной области видимости.
Но если, к примеру, весь код банально обёрнут в анонимную функцию, то он практически невидимый извне. С ним ничего нельзя сделать. Можно только при следующей загрузке страницы не загружать этот скрипт. И обычно много всего спрятано именно так, в замыканиях, в стеке.