Putty тут совсем ни при чём. Тот же эффект и в других терминалах.
imho, "виновата" конкретная программа, которая выводит текст. Виновата в кавычках, потому что это может быть фича, а не баг.
Сравните вывод ps -ef
(там обычно есть длинные строки)
и вывод ps -ef | cat
Во втором случае происходит перенос строк. Надеюсь, это поможет.