Если я не ошибаюсь то файл __init__.py раньше служил для определения папки, как пространство имён. Он не играет никакой роли.
Для того чтобы Django не фиксировала миграции при команде makemigrations вы можете на время миграции отключить приложение в INSTALLED_APPS.
Если вы не хотите чтобы модель была создана в базе тогда в настройках модели пропишите:
class Foo(models.Model):
.................
class Meta:
managed = false
тогда модель не попадет в миграцию