"Длинные скрипты" не должны запускаться из браузера. Системные команды тоже. Перезагрузка в идеале вообще никогда не должна происходить.
Если скрипт виснет, то надо исправлять причину, а не последствия.
Если речь про воркфлоу, то используйте очередь событий, семафоры, обмен данными и пр.