Проверьте на всякий случай службы всяких защитников - может поможет. У меня ничего связанного с mysql или php не установлено - так что могут быть разные источники проблем.
Навскидку...
У тебя включен файл подкачки и когда оперативка забивается, то начинается выгрузка процессов на жесткий диск в файл подкачки. Из-за этого жесткий нагружен.