Одна запись от другой отличается тем, что в перой откудато при импорте взялся пробел или перенос на другую строку.. ну какойто невидимый символ.
У вас записи отличаются еще как минимум 2 полями status и data_added, не считая id.
а что касается удаления невидимых символов то как то так:
UPDATE yourTable SET domain= TRIM(REPLACE(REPLACE(REPLACE(domain, ‘\n’, ‘ ‘), ‘\r’, ‘ ‘), ‘\t’, ‘ ‘));