Ну, для начала, было бы хорошо понимать что именно у вас дергается. Так же стоило бы показать какие именно ошибки возникают.
Если так, практически на угад, то предположу, что у вас стоит какой-то плагин, работающий со скроллом, например: плагин для плавной прокрутки, пользовательского скроллбара, ленивой загрузки контента, фиксированной шапки, плавающих элементов или что-то в этом духе.
Плагин может как-то изменять DOM и браузер его перерисовывает. Скажем, когда вы скролите какой-то елемент вверху страницы меняет свой размер на долю секунды. Это смещает весь контент ниже.
Или Плагин может самостоятельно скролить страницу. Скажем он попытался сделать плавную прокрутку, но что-то полно не так и за долю секунды он проскролил вверх и вниз.
Но это только теории
