в скрипте .iss пропишите эти значения
DisableStartupPrompt=Yes
DisableDirPage=Yes
DisableProgramGroupPage=Yes
DisableReadyPage=Yes
DisableFinishedPage=Yes
DisableWelcomePage=Yes
в принципе скрываются все диалоговые окна, после установки приложение автоматически запускается, но само окно с прогрессом установки скрыть не получится.