Есть JSR-80 и не так много библиотек которые его поддерживают, например вот порт libusb, а вот оффициальный request. Есть ещё для джостиков и HID барахла, правда не JSR-80. Если вам что-то специфическое нужно - пишите драйвер. Благо в винде сейчас с WDF это не сложно, а в линуксе и того проще.
