Ну так откуда менеджеру асетов знать зависимости? Вы либо должны регистрировать ваш плагин так же как ассет через менеджер, либо jquery руками подключать. Асет менеджер просто добавляет в конец head секции (в случае POS_HEAD) скрипты.
Вообще асет менеджер в yii штука гнилая и я считаю что она только добавляет гемороя а не помогает в чем-то. Потом ищи сыщи все эти registerCoreScript по туче модулей/виджетов/компонентов/экстеншенов.... При деплое неудобно, все на лету происходит, если у вас php из апача работает и из какого-нибудь пользователя аля www-data, то могут быть проблемы с правами...