Нашел команду, которая на ура отрабатывает в комадной строке от имени администратора:
for /F "tokens=*" %1 in ('wevtutil.exe el') DO wevtutil.exe cl "%1"
Эта чудо-строка чистит все (ну почти) логи винды.
А вот если запихнуть ее в cmd или bat файл и запускать его от имени администратора оно не работает.
Окно сразу закрывается.