Лучшее решение - каждую такую функцию сделать статическим методом классов-помощников, при этом классы делать по функционалу - классы для работы со строками, с массивами, с числами.
"Чистые" функции в ОО-приложении - это отвратительно.
И причин тут много: это идеологически правильно с точки зрения ООП, можно использовать пространства имеy и автолоад. В конечном итоге, можно даже создать свой, базовый тип, когда инстанцирование класса типа MyString позволяет инкапсулировать всю логику, если она сложная. Например, мы хотим использовать в качестве шаблонизатора сам PHP. Моно сделать хэлпер, который будет фактически являться объектом типа "строка" с нужным нам набором методов. Допустим, мы делаем вывод пользовательского сообщения:
<div>
<?
$value = new MyString($message);
// делаем html_entity_decode, потом htmlspecialchars, потом nl2br, потом форматируем bb-теги и получаем значение.
echo $value->entityDecode()->hsc()->nl2br()->bb()->getValue();
?>
</div>
