1. Вы сами на вашей стороне (стороне сервера) можете готовить какой-нибудь zip архив с файлами, выкладывать его куда то. А на стороне клиента реализовать простую операцию: скачать архив если он доступен по ссылке, распаковать в корень. Так заменятся все файлы, что есть в архиве (опционально можно запускать какой то специальный скрипт из архива для миграций)
2. Можно пойти чуть дальше. и готовить rpm или deb пакеты, и делать все тоже самое что и в первом пункте, так как первый пункт - это по большому счету велосепедизм.
3. Если на клиентской стороне есть какая то система контроля версий то можно все делать через нее, просто запускать какой-нибудь "git pull" - это самый быстрый наколеночный вариант.
