А зачем нужно получать "нормальное" форматирование в css? В данном случае, это всего лишь результат компиляции, с которым не требуется работать напрямую. В идеале лучше вообще компилировать минимизированный файл css в одну строку.
Родион Мещеряков, Бывает от меня хотят простой css, в смысле gulp и вся эта сборка не бывает им нужным, но я всегда либо через gulp либо webpack-ом работаю. Но я сейчас сделал так как вы сказали(минифицировал с помощью gulp-clean-css). а на конце мой редактор позволяет выделять все и сделать BEAUTIFY выделенное.