Если хочется именно так же как в шаблоне webpack-simple, то туда и смотрите:
https://github.com/vuejs-templates/webpack-simple/... Вебпак по умолчанию собирает js в один файл.
vue-cli тоже должен все js по умолчанию собирать в один файл, с некоторыми исключениями, описанными здесь:
https://cli.vuejs.org/guide/build-targets.html#app
Если вам вообще хочется все-все-все в один файл затолкать, вместе с картинками и стилями то возникает вопрос зачем? это не лучшая идея. Если только js и они не в одном файле уже - надо смотреть почему, так как стандартно должен быть бандл на выходе.