На сколько я представляю в index.html вы можете обращаться только к переменным доступным в глобальной области видимости. Если вам необходимо иметь доступ к классу из mainBoundle.js запишите его в window. Как то так:
class SomeClass {
// ...
}
window.__SomeClass = SomeClass;
А в index.html вызывайте
new window.__SomeClass()