Соглашусь с
Дмитрий , но вставлю свои пять копеек, так как точно не понимаю что именно вы делаете.
Рассмотрите возможность хранения оперативных данных в Redis. Выбираете из БД нужный список раз, скажем, в 10 минут. Засовываете его в Redis и каждые 2 секунды сравниваете список файлов со списком из Redis. Такой вариант подойдёт?