1) Дурная затея держать и nginx и php в одном контейнере, гораздо лучше вместе запускать два контейнера, один с нгинкс, второй с php
2) Копировать файлы проекта можно командой COPY в докерфайле
вот пример для питона
FROM python:2.7
LABEL maintainer="Kotulskyi Volodymyr"
WORKDIR /var/opt
COPY ./app ./
RUN pip install -r requirements.txt
CMD python app.py
Для того, чтобы проброситьпорт контейнера наружу есть опция -p
docker run \
-d -ti \
-p 5000:80 \
--name course-app \
https://docs.docker.com/engine/reference/run/
Вот тут пример с использованием докер компоуз, но я его не пробовал
geekyplatypus.com/dockerise-your-php-application-w...
А еще можно пройти
https://www.udemy.com/docker-and-kubernetes-the-co...