Цепляетесь за событие скрола, вычисляете который элемент попал в экран и запускаете анимацию этого элемента.
Запуск анимации будет происходить из js, как-то так:
$('#my_anim_id').beginElement()
Доки:
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/S...
Со скролом думаю в гугле уже достаточно копипасты, да и тут на тостере хватает.