PATCH /users/:userId
PATCH /shops/:shopId/users/:userId
/users/:userId
, предполагаю, идентификаторы пользователей уникальны не только в пределах магазина, но и всей системы. В таком случае, уровень /shops/:shopId
будет лишним в задаче изменения информации о пользователе, даже если у пользователя есть привязка к магазину в плоскости бизнес-логики. Поэтому, используйте /users/:userId
.