как-то так можно (медиа замените на свои):
if (window.matchMedia('(max-width: 767px)').matches) {
$(".header-top").append($('.logo'));
} else {
$(".header-main").append($('.logo'));
}
append заменяйте на свой код в необходимости от положения логотипа внутри .header-main и .header-top
хотя я бы дублировал лого и показывал/скрывал их медизапросами