Обновил Marrathon, с версии 1.4.5, и теперь не подхватываются конифги из /etc/marathon/config, пробова писать и в /etc/default/marathon. Тоже не работает, работает если запускать руками.
marathon --master zk://172.27.10.103:2181,172.27.10.104:2181,172.27.10.105:2181/mesos --zk zk://172.27.10.103:2181,172.27.10.104:2181,172.27.10.105:2181/marathon