У меня есть некий скрипт, который через confirm спрашивает разрешение на запуск скрипта и если пользователь подтверждает, то нужно вставить скрипт в консоль и запустить его.
зачем вставлять в консоль? скрипт и так запустится. Или нужно отобразить результат скрипта в косноли? Тогда пропишите console.log(здесь результат функции)