Скорее всего, nginx первым слушает запросы, и дальше передаёт их в обработку к Apache. Поэтому правок в конфигах Апача недостаточно.
Найдите конфиги nginx(где-то в /etc/nginx/), и там ищите параметр server_name - к нему можно дописать алиасы домена через пробел.