Потому что клиент рекурсивно сканирует директорию, которую вы хотите скопировать. В SFTP вход в каждую директорию и получение списка файлов - это две команды.
Ну и ещё WinSCP не очень хороший клиент, но это уже детали.
Евгений М, Я вам ссылку дал на альтернативы, если интересно.
И да, связка не очень. Ну ничего, разок-два потеряете всю работу - задумаетесь о нормальном деплое и контроле версий.
Евгений М, Вот поэтому я вам ничего конкретного и не советую. Пока сами для себя не определитесь с ключевыми требованиями и не придёте к нормальным практикам деплоя - все мои советы бесполезны.
Я вам могу написать про нормальную IDE, git и deployer - вы можете мне сказать, что всё это вам не нужно и я переусложняю. Это будет настолько же аргументированно как и то, что Filezilla "ещё хуже", чем WinSCP.
Так что формируйте список требований и исходите в выборе инструмента из них. Постепенно требования будут эволюционировать когда вы будете понимать, что текущая практика, которой вы пользуетесь имеет серьёзные минусы.
P.S. "Работа с Notepad++" - это не ключевое требование. С Notepad++ (и любым другим редактором) сможет работать любой софт, который следит за изменением файлов.
P.P.S. Хорошая IDE (типа PhpStorm, например) будет работать с FTP/SFTP без посредников в виде WinSCP/Filezilla.
