Можно приводить к общему регистру строку, по которой выполняется поиск, и тексты элементов:
function setChecked(value) {
value = value.toLowerCase();
for (const n of document.querySelector('.u-combolist').children) {
n.querySelector('input').checked = n
.querySelector('label')
.innerText
.toLowerCase()
.includes(value);
}
}
Или, воспользоваться регистронезависимым регулярным выражением:
function setChecked(value) {
let test = () => false;
try {
test = RegExp.prototype.test.bind(RegExp(value, 'i'));
} catch (e) {}
document.querySelectorAll('.u-combolist label').forEach(n => {
n.previousElementSibling.checked = test(n.textContent);
});
}