Избавьтесь от id, или сделайте его уникальным для каждого блока. У двух и нескольких блоков, id не должен совпадать.
Теперь у вас есть список боксов $('.box'), нужно пройтись по нему массивом, и для его дочерних элементов применить ваши скрипты.
var boxes = $('.box');
boxes.each(function () {
var $box = $(this);
// Засуньте сюда весь ваш код, который нужен отдельно для каждого чекеда.
// Только не надо функции выносить. Функции не должны ссылаться на глобальные переменные,
// все элементы вы должны передавать через аргументы.
// Дальше ищите элементы относительно $box. Например, вам нужен .handle, просто
// пишите $box.find('.handle') - так вы получите только элементы с классом handle, которые
// находятся внутри текущего бокса.
});
