Вот этот черный квадратик лежит в координатах 0 0 и имеет размер 40х40
Когда вы изменили размер вьюбокса на 40х40, вам показалось что все пропало, а на самоми деле ваша фигура лежит правее и ниже.
По хорошему, вам надо почтитать что такое вообще viewBox, для чего нужен, и как он работает.