Вы бы вставили код в html файл (отдельно от codepen'a) для начала..
Если уже именно в codepen'e нужно что бы отступа не было - добавляйте position: absolute; для svg элемента.
Пример: https://codepen.io/vitaly-d/pen/EdGEpe
Нормально видно что черный прямоугольник не на весь вььюпорт? Или не видно?
Нормально, что черный прямоугольник - polygon а не svg? SVG корректно тянется на всю область viewport'a.
Формулируйте вопросы точнее.
При чем тут абсолют для меня вообще загадка)
Вы писали про скролл, который появляется в codepen'e.
Абсолютное позиционирование решает проблему с отступом в один пиксель внутри iframe.
Если бы сразу спросили как растянуть содержимое под svg, то я бы Вам сразу и написал, что бы использовали preserveAspectRatio = "none" для SVG элемента.