У Раруса тут да, немного по-дурацки написано, сам наткнулся и понял что статья не полная. В общем то, там все хранится или в куки или у пользователя в профиле. Отдельную таблицу создавать не надо, все в принципе прозрачно если немного разобраться.
Сначала они предлагают вывести кнопку в шаблон с ссылкой и количеством избранных товаров в шапку, затем страницу Избранное и потом уже в карту товара повесить код
<a class="favor" data-item="<?=$arResult['ID']?>">В избранное</a>
Ну и в компонент-эпилог повесить обработчики на js, чтобы в кеш не попадать.