Если создавали БД со старой кодировкой (utf8) - то нужно пройтись ещё по таблицам и поменять кодировку полей с utf8 на utf8mb4 (автоматом оно не поменяется при смене кодировки БД).
Ну и в скрипте, подключающемся к БД, проверить, чтобы кодировка тоже была указана как utf8mb4.
Ну и также проверьте, в каком виде текст подаётся в БД, если он перед этим пропускается через какие-нибудь фильтры, то есть вероятность, что один из фильтров заменяет символы на вопросы, считая их некорректными (особенно если этот фильтр идёт не из коробки, а из какой-то сторонней библиотеки).