Посмотрите какие конфиги цепляет php-fpm: php -i | grep ".ini,"
Все конфиги подгружаются в алфавитном порядке, поэтому например какой-нибудь zz-config.ini переопределит все ваши настройки в aa-config.ini. Для xdebug может существовать отдельный конфиг, например:
/usr/local/etc/php/conf.d/docker-php-ext-xdebug.ini