Без доступа к админкам коммутаторов (по кабелю или веб или телнет) никак.
Все рисовалки топологии на основе LLDP/CDP не дают 100 гарантии верности ну и требуют поддержки указанных технологий оборудованием (и еще правильной настройки).
Ваш вариант руками. можно по сегментам отключать коммутаторы и смотреть у кого линки упали и постепенно высяснить за что отвечают устройства