Как то так:
var params = {
// объект параметров плагина
};
// Инициализируем при загрузки DOM
initScrollbar($('.content'), params);
// Инициализируем/разгрушаем по изменению окна браузера
$(window).on('resize', function() {
initScrollbar($('.content'), params);
});
function initScrollbar($selector, options) {
// Если ширина окна меньше чем 992 px
if ($(window).width() < 992) {
// Если на этом селекторе уже был инициализирован плагин, то разрушим его
// Если нет, то ничего не делаем
if ($selector.data('mCS')) $selector.mCustomScrollbar('destroy');
} else {
// Если ширина окна больше 992 px, То инициализируем плагин
$selector.mCustomScrollbar(options || {});
}
}