Добавляю ответ, как я это решил. Как ответ не отмечаю, так как похоже на костыль, может, есть более правильное решение.
Допустим, у нас уже настроен VPN для Address list, соответственно, уже есть routing mark, настроен маскарад на интерфейс OpenVPN и добавлен маршрут для маркера. Теперь нужно создать новое правило в IP-Firewall-Mangle для TCP:
chain: prerouting
protocol: 6 (tcp)
Dst. Port: 30000-32767
Action: mark routing
New routing mark: <наш маркер, используемый ранее, пусть будет "vpn">
Passthrough галку снять. Потом такое же правило создать для UDP.
Или через консоль:
/ip firewall mangle
add src-address=192.168.x.0/24 action=mark-routing chain=prerouting protocol=udp dst-port=30000-32767 new-routing-mark="vpn" passthrough=no