Мануал посоветовать не могу. Не встречал. Но в IDEA все очень толково и понятно сделано, достаточно лишь попробовать, потыкать менюшки, кнопочки. Работа с github там даже вынесена немного отдельно чем работа с git.
Всё что Вам нужно:
1) Создаёте новый репозиторий на github
2) В IDEA: VCS -> Checkout from Version Control -> Github
3) Логин/пароль, или сертификат....и вперёд!
4) Склонировали репо, работаете себе сколько влезет. Ctrl+K - коммит, Ctrl+T - апдейт, бранчи - слева внизу возле кодировок (должно писать аля Git: master), можно непосредственно и все это найти если тыкнуть правой кнопкой в левом окне с файлами проекта, там будет пункт Git.
5) Нужно больше? Вот, пожалуйста:
www.jetbrains.com/idea/webhelp/using-git-integrati...