Проект A зависит от проекта B. Проект B зависит от некоторых внешних зависимостей, которые он шейдит и релоцирует. Но из-за того, что IDEA подгружает именно открытый проект, в проекте A внешняя зависимость не релоцирована и, следовательно, maven не может собрать проект А (но если я несмотря на ошибки напишу релоцированные импорты, всё будет ок).
Если нажать ПКМ по проекту B и сделать его игнорируемым, то ошибки также пропадут, поскольку IDEA будет брать зависимость из m2 с правильными pom.xml и классами.
Собственно хотелось бы узнать как можно справиться с этой проблемой.
Да, но у идеи есть такая фича: если открыт проект, который является зависимостью другого открытого проекта, то идея будет брать классы для него именно из открытого проекта, а не с репозитория. А там, очевидно, maven shade не успел поработать(