Потом заново запускается bootstrap.php и в $_SERVER['REQUEST_URI'] содержится 'favicon.ico', либо '404', либо 'js', от чего это зависит я так и не понял.
с дебаггером все ок, скорее всего у вас настроен хтаксесс на переброс несуществующих файлов на похожий контроллер и экшн. Проверьте консоль браузера какие запросы к ресурсам вернули неверный тип и проверьте что они лежат в том месте куда прописан их урл(например js/some.js вместо /js/some.js и favicon лежит там где нужно). То есть все отсутствующие ресурсы могут перенаправляться на страничку 404 например, отсюда и еще один запуск всего движка.
